Aparte de su interés histórico artístico, la basílica tiene un valor sentimental para la ciudad de Ponferrada, ya que su interior alberga la Virgen de la Encina “La Morenica”, patrona del Bierzo. Comenzó a construirse en 1572 sobre otra iglesia medieval bajo la dirección de Juan de Alvear, quien realizó la cabecera. El templo es de estilo renacentista con planta de cruz latina y cabecera de medio hexágono en su parte superior. En el exterior destaca sobre manera la torre iniciada en el año 1614 y que fue finalizada a lo largo del siglo XVII.
Cuando ya estaba terminada, el chapitel de la torre fue destruido por un rayo y se sustituyó la parte superior por uno de estilo barroco que contrasta con la parte inferior de estilo renacentista. En el interior la obra más destacada es el retablo mayor de la escuela de Gregorio Fernández, realizado en madera policromada entre los años 1630 y 1640. El retablo está presidido por la Virgen de la Encina.
Según relata la leyenda, la primera imagen de la Virgen fue traída desde Jerusalén por el Obispo Toribio en el año 450. En el siglo IX, San Genadio la escondió en Ponferrada para ocultarla de los ataques musulmanes. Fue custodiada con tanto ahínco, que la figura permaneció en paradero desconocido hasta varios siglos después, cuando los templarios comenzaron a construir el castillo. Para la edificación precisaron de mucha madera y un ocho de septiembre, al cortar una encina, encontraron en su interior la imagen de la Virgen, que recibió el nombre del lugar donde se encontró. La imagen venerada en la actualidad es del siglo XVI. La conversión de la iglesia en colegiata fue una de las aspiraciones del pasado. Para ello, se necesitaba la aprobación del Papa y reunir una serie de requisitos como la demografía, economía y geografía, que Ponferrada cumplía.
La mejor ocasión para convertirla en colegiata fue la milagrosa curación de María Manuela Mendoza en 1706. Sin embargo, finalmente se deniega la conversión.
